1、性質(zhì)不同。農(nóng)村信用社小額信貸應(yīng)該是一項商業(yè)性業(yè)務(wù)，一項金融活動，需要靠制度性的商業(yè)化運作才能持續(xù)下去；扶貧式小額信貸往往和政治相聯(lián)系，是政治派別的表態(tài)，通常表現(xiàn)為社會活動性質(zhì)和教科文衛(wèi)體、精神文明建設(shè)等社會發(fā)展方面的活動內(nèi)容相關(guān)聯(lián)，其持續(xù)性是非金融的。

2、信貸資金來源不同。農(nóng)村信用社信貸資金的來源主要是靠吸收存款，付出了較高的成本費用，所以需要通過提供各種服務(wù)來彌補成本并獲取收益，已達到自我生存和自我發(fā)展的目的，才能形成資金的良性循環(huán)；扶貧式小額信貸的資金來源是無成本或低成本的國際機構(gòu)捐助或政府資助，由于其扶貧性質(zhì)，靠自我服務(wù)方式難以達到經(jīng)營持續(xù)性，因而政府貼補往往少不了。

3、信貸資金用途不同。農(nóng)村信用社小額信貸資金主要運用于“三農(nóng)”，所涉范圍較寬，并不特別針對某些群體，信貸資金可做生產(chǎn)性用途，也可做消費性用途，更符合金融機構(gòu)提供各種服務(wù)的特點；扶貧式小額信貸的信貸資金則主要運用與貧困或特困戶，而且主要是滿足生產(chǎn)性需要，而不是消費方面，他的目的是扶助貧困戶自我發(fā)展。

4、經(jīng)營機構(gòu)不同。農(nóng)村信用社小額信貸由正規(guī)的金融機構(gòu)農(nóng)村信用社經(jīng)營，嚴格按照金融機構(gòu)的業(yè)務(wù)運作方式來進行；扶貧式小額信貸由政府專門委托或設(shè)立機構(gòu)經(jīng)營，書費正規(guī)金融機構(gòu)，既不是去的金融業(yè)務(wù)經(jīng)營許可證的正規(guī)金融機構(gòu)，他難以實現(xiàn)金融持續(xù)性，需要得到政府補貼。